Enterado el rey de la huida a Francia de Antonio Pérez y de las Alteraciones de Zaragoza, decide enviar al ejército castellano a Zaragoza para imponer el orden y anuncia a todas las localidades aragonesas por donde va a pasar, los motivos de este hecho. La Diputación declara la entrada del ejército castellano un contrafuero, hecho confirmado por el Justicia Mayor, Juan de Lanuza, quien ordena la resistencia contra el ejército invasor castellano.
El Justicia de Aragón pide apoyo militar a todos los pueblos y ciudades aragonesas, así como a la nobleza. También solicita el apoyo del Principado de Catalunya y del Reino de Valencia. Al obtener escasos hombres de algunas localidades aragonesas y negarle el resto su ayuda, el 8 de noviembre organiza un ejército de 2.000 hombres con los que se habían amotinado en Zaragoza y la ayuda que ha recibido. Por el contrario, el ejército castellano contaba con 12.000 hombres de infantería, 2.000 de caballería y 25.000 piezas de artillería. Ante esta desigualdad, el ejército aragonés se dispersa en Utebo, dejando libre la entrada a Zaragoza al castellano, que tendrá lugar el 12 de noviembre de 1591.
REPRESIÓN POSTERIOR
La represión en Zaragoza fue extremadamente dura, no solo contra los amotinados sino contra la ciudad, siendo derribados varios palacios e incluso edificios religiosos. De no haber sido por la intermediación eclesiástica, también se hubiese derribado la iglesia de Santa María del Pilar (actual Basílica del Pilar), donde se quería construir un cuartel militar. El Justicia de Aragón fue decapitado en la Plaza del Mercado de la ciudad el 20 de diciembre de 1591.
CORTES DE TARAZONA
El rey convoca reunión de las Cortes Aragonesas el 9 de mayo de 1592, en Tarazona. En estas Cortes no se suprime ninguna institución aragonesa pero se reforman para asegurarse el rey su control: